Univerzita Komenského v Bratislave - Jesseniova lekárska fakulta v Martine
Aktivita 1: Vybudovanie systémovej výskumnej infraštruktúry biobanky pre nádorové a raritné ochorenia. Vypracovanie a implementácia kritérií odberu biologického materiálu u zdravej populácie a pacientov vrátane zavedenia týchto štandardov do legislatívy, podpora partnerov pri vzniku oddelení registrov tkanív a vzoriek.
- Zaviesť a udržať biobankovanie biologických vzoriek tkaniva formou izolácie živých buniek a deriváciou z bunkových línií. Prípravené budú unikátne bunkové modely z raritných foriem nádorov (3D nádorových línií z neuronedokrinných nádorov pankreasu vlastným protokolom), nádorových línií (2D a 3D) z pankreatických adenokarcinómov a iných typov nádorov. Zavedený protokol izolácie kmeňových buniek postupmi indukovanej pluuripotencie z kožných biopsíí pacientov s neurodegeneratívnymi ochoreniami nám umožnia biobankovať vo forme aktívne sa deliacich kmeňových buniek a prekurzorov aj raritné, nenádorové vzorky tkanív.
- Zaviesť a udržať archivovanie DNA vzoriek ako aj iného biologického materiálu od pacientov s vrodenými poruchami imunity. Metodika nezávislého výskumu je postavená na zabezpečenie komplexnej genetickej diagnostiky, a to prostredníctvom celoexómového sekvenovania, prípadne s využitím možnosti génových čipov, či panelov zahŕňajúcich približne 450 génov súvisiacich s imunitným systémom, jeho funkciami a reguláciou.
Univerzita Komenského v Bratislave - Lekárska fakulta v Bratislave
Aktivita 2: Založenie biobanky organoidov vybraných nádorových ochorení.
- Zaviesť metodiku 3D biotlače a pripraviť 3D modely s presne definovanou architektúrou nádoru a jeho mikroprostredia pre štúdium vzájomnej komunikácie stromálnej zložky a nádorových buniek.
- Overiť využiteľnosť týchto modelov pri diagnostike, prognostike ako aj testovaní nových liečebných postupov.
Žilinská univerzita
Aktivita 3: Analýza dát vzoriek biologického materiálu v kontexte integračného a informačného prostredia biobankingu.
- Vytvoriť také metódy a algoritmy, ktoré budú schopné efektívne popisovať a klasifikovať viacrozmerné medicínske dáta. Vývoj aplikácií pre správu a vizualizáciu analyzovaných dát s podporou databáz a ontológií.
- Integrovať a zosúladiť IT systémy jednotlivých pracovísk zapojených do systému biobánk.
Národný ústav reumatických chorôb
Aktivita 4: Vytvorenie periférnej biobankovej jednotky na Národnom ústave reumatických chorôb v Piešťanoch.
- Zriadiť biobankovú jednotku v Národnom ústave reumatických chorôb, ktorá sa bude využívať na dlhodobé, budúce sledovanie pacientov s alkaptonúriou a inými reumatickými chorobami. Protokol pre prospektívnu štúdiu bude minimálne zahŕňať zber, uchovávanie a analýzu demografických údajov, anamnézu, fyzikálne vyšetrenia, lieky, hematologické a biochemické údaje, výsledky rádiografie a ultrasonografie, odber vzoriek DNA, séra a moču.
Biomedicínske centrum SAV
Aktivita 5: Výskum molekulárnych markerov vybraných onkologických a dedičných ochorení.
- Výskum biomarkerov odpovede na protinádorovú liečbu u pacientov s urogenitálnymi nádormi bude zameraný na identifikáciu nových biomarkerov použitím molekulárneho profilovania metódami genomiky a transkriptomiky. Vyvíjať sa budú modely bunkových línií urogenitálnych malignít z nádorových tkanív pacientov, ktoré umožnia testovať rôzne typy liečby.
- Genomická analýza pacientov s vybranými zriedkavými dedičnými ochoreniami so zameraním na monogénový diabetes, primárne mitochondriopatie, monogénové neurologické ochorenia a senzorineurálnu poruchu sluchu. Okrem potvrdenia monogénovej formy ochorenia na úrovni DNA prebehne analýza a identifikácia nových mutácií a ich funkčná molekulárno-biologická charakterizácia zacielená na určenie stupňa patogenity.
Národný onkologický ústav
Aktivita 6: Identifikácia špecifických biomarkerov vybraných nádorových ochorení.
- Identifikovať biomarkery spojené s rozširovaním nádorov a rezistenciou na liečbu pri vybraných nádorových ochoreniach (kacinóm prsníka, kolorektálny karcinóm, testikulárne karcinómy a karcinóm pankreasu). Primárnym zameraním sú cirkulujúce nádorové bunky. Profilovanie expresie pomocou cDNA microarray a microRNA array patrí k vysoko výkonným technológiám s možnosťou skúmať zmeny v hladinách expresie génov a proteínov vo veľkom meradle.
- Identifikovať biomarkery na výber pacientov, ktorí sú kandidáti na metastazektómiu.
- Zriadiť tkanivové banky a bunkové primokultúry z vybraných nádorov.
Ministerstvo zdravotníctva SR
Aktivita 7: Komplexná koordinácia a podpora vzniku systémovej infraštruktúry pre biobanking.
- Pripraviť a implementovať legislatívne aj nelegislatívne úpravy podporujúce rozvoj excelentného výskumu v oblasti biomedicíny, vrátane nastavenia systémového biobankovania.
- Integrovať SR do významných európskych štruktúr podporujúcich biomedicínsky výskum ako je BBMRI-ERIC, ECRIN a pod.
- Etablovať a posilniť platformy, ktoré podporujú zvýšenie kvality výsledkov biomedicínskeho výskumu a vývoja pre zlepšenie ich aplikácie do praxe.
Centrum spoločenských a psychologických vied SAV
Aktivita 8: Hodnotenie socio-ekonomických efektov biobanky.
- Na základe navrhnutého modelu biobanky realizovať ex ante hodnotenie vplyvov biobanky na biomedicínsky výskum, ale aj zdravotnícky systém. Ex ante hodnotenie sa bude zameriavať aj na vybrané priame, ale aj nepriame efekty pre slovenskú spoločnosť a ekonomiku. Zároveň toto hodnotenie prinesie aj odporúčania pre maximalizáciu pozitívnych efektov biobanky a zabezpečenie dlhodobej udržateľnosti.
